La mezquitas son un símbolo y un referente tanto dentro como fuera del Islam. Se construían principalmente para la práctica de la oración en comunidad (al Jamaa), pero además en ellas se educaba en el aprendizaje del Corán y de los conocimientos científicos, se propugnaba la integración social y se daban mensajes de sensibilización a través de las oraciones de los viernes.
La primera mezquita que se construyó en la antigua ciudad fue la Gran Mezquita de Chauen (El Masjid El Aadam o Jamaa El Kebir). Es obra del fundador de la ciudad Moulay Ali Ben Rachid de finales del siglo XV, aunque su finalización y primera ampliación, así como la construcción de su característico minarete, son obra de su hijo Mohamed Ben Rachid, en torno a 1560. Por su forma octogonal, el minarete de la Gran Mezquita muestra una singular construcción. El octógono descansa sobre una base cuadrada que se convierte en estrella de ocho puntas tras girar sobre su eje central, procedimiento geométrico que está presente en otras construcciones hispano-musulmanas, como las salas de los Palacios Reales de la Alhambra de Granada. Esta herencia andalusí se muestra en varias ciudades del norte de Marruecos, como Tetuán o Tánger.
La primera mezquita tenía cuatro naves longitudinales soportadas por arcos. La sala de rezo dispone de cuatro puertas: la puerta principal Bab El Hamraa, que fue ampliada por el caid Ahmed Ibn al Charif al Alami en el siglo XVII, Bab El Janavaz, Bab El Wodoua y Bab El Madrassa. En su espacio central se abre, tras la Fuente de las abluciones, una puerta que conduce al centro de la misma, y cerca de la puerta exterior se sitúan unos grandes baños, públicos y para los estudiantes de la Madraza, en los que también hay un espacio reservado a las abluciones. Estos baños se restauran continuamente, y se abren al gran público previo pago de un precio simbólico. Durante el verano, los fieles rezan en un espacio al aire libre dotado de una fuente en el centro.
Su decoración interior es prácticamente inexistente y solo al exterior podemos apreciar decoraciones en la puerta principal y en el minarte. Cuenta con una habitación, contigua a la pared del minarete, reservada al Mouaqit (persona que se ocupa de fijar los horarios de las oraciones), en la que hay numerosos relojes para determinar los horarios. De igual modo, en la terraza de la escuela hay una pieza de mármol que sirve para calcular el tiempo con la ayuda del sol. El edificio ha sufrido varias restauraciones, la última de las cuales se terminó en el año 2007.
Otras mezquitas destacadas de la ciudad son: