El nombre de la ciudad proviene de la palabra berberisca Chauen (shawen) que significa “Cuernos” debido a las cumbres montañosas que dominan la ciudad, de manera que Chefchaouen (Shifshawen), el nombre oficial en Marruecos, significa “mira los cuernos”. Este nombre pasó al español inicialmente como Xauen, aunque desde tiempos recientes se utiliza más la forma Chauen, que es la que utilizaremos aquí.
Son curiosas las adaptaciones del nombre a otros idiomas a través del tiempo, que han producido formas peculiares como las que aparecen en la cartografía del siglo XIX. En este sentido, es de destacar que Chauen no aparece mencionada en buena parte de la cartografía de los siglos XVII al XX, posiblemente por la prohibición de acceso a la ciudad que comentaremos más tarde.